Die Erziehung und Bildung der Kinder und Jugendlichen in der DDR, aber auch die Berufsausbildung, befand sich fast ausnahmslos in der Hand des sozialistischen Staates und war geprägt von dessen atheistischer Weltanschauung.
Die Evangelischen Landeskirchen im Osten Deutschlands wurden nach der Gründung der DDR 1949 vor eine neue Herausforderung gestellt.
Die Teilnahme an der Jugendweihe lockerte bei vielen jungen Menschen in erheblichem Maße die Bindung an ihre Kirchengemeinde.
Um jedoch den qualifizierten Nachwuchs zu sichern, reagierte die Kirche mit der Einrichtung eigener Berufsausbildungen, z.B. zur Gemeindediakonin, Kinderdiakonin, Wirtschaftsdiakonin oder Verwaltungsdiakonin.
Die Lehrinhalte der kirchlichen Ausbildungen wurden staatsunabhängig bestimmt, das Erziehungsministerium der DDR hatte hier offiziell keinen Zugriff. Die kirchlichen Ausbildungen waren aus diesem Grunde auch nicht staatlich anerkannt, ein beruflicher Wechsel in eine staatliche Einrichtung war nicht möglich. Dies änderte sich erst mit der politischen Wende 1989.
Im Jahre 1956 wurde das Seminar für Kirchlichen Dienst (SKD) auf Initiative von Helga Krummacher, Ehefrau des pommerschen Bischofs Friedrich-Wilhelm Krummacher (1955-1972), gegründet.
Es sollte ein Seminar zur Ausbildung von Kinder- und Gemeindediakoninnen für die Einrichtungen der Evangelischen Landeskirche sein.
In den Züssower Diakonieanstalten bestand zu diesem Zeitpunkt bereits ein so genanntes „Vordiakonisches Jahr“ für Mädchen, die nach der 8.Klasse die Schule verlassen hatten.
Am 1.September 1956 wurde unter dem Namen "Vorseminar"der Unterricht entsprechend der neuen Konzeption des SKD aufgenommen.
Ein Jahr später, am 1. September 1957, begann die Ausbildung von Kinder- und Gemeindediakoninnen, die das Vorjahr erfolgreich beendet hatten.
Aus Platzgründen fand die Hauptausbildung ab 1958 in Greifswald an verschiedenen Orten statt.
Es vergingen weitere 2 Jahre, bis das SKD in das neue Holz-Fertigteilhaus, ein Geschenk der schwedischen Partnerkirche, umziehen konnte.
Am 28. Oktober 1961 fand trotz der vorangegangenen staatlichen Repressalien die feierliche Einweihung des neuen Domizils auf dem Gelände der Johanna-Odebrecht-Stiftung in Greifswald statt. Das neue Gebäude erhielt den Namen „Haus der Kirche“.
Nun wurde auch mit der Ausbildung von Wirtschaftsdiakoninnen und Verwaltungsdiakoninnen begonnen. Kurzzeitig gab es ebenfalls die Ausbildung zur Pflegediakonin.
Die Klassengröße umfasste in dieser Zeit etwa fünf bis zehn Personen. Die Ausbildung war vor allem geprägt von fachspezifischen Schwerpunkten, Gemeindetheologie und musisch-kreativen Inhalten. Das gemeinsame Leben fand seinen Ausdruck in Andachten, Gottesdiensten und Festen. Zur Unterstützung und geistlichen Begleitung der Absolventinnen im Beruf wurde 1964 die Diakoninnengemeinschaft ins Leben gerufen.
Die gesamten Kosten der Ausbildungsgänge trug in dieser Zeit ausschließlich die Evangelische Kirche.
In den 1980er Jahren hatte sich die Lage des SKD verschlechtert. Mangelnde Akzeptanz eines nicht gut bezahlten kirchlichen Berufes, geringe Konfirmandenzahlen und hohe Personalkosten erzwangen sogar den Gedanken einer Schließung. Für die Existenz des SKD brachte die Wende im Herbst 1989 die entscheidenden neuen Möglichkeiten.
Engagierte LehrerInnen erarbeiteten das Konzept einer Fachschule für soziale Ausbildung nach bundesdeutschem Vorbild und nahmen die notwendigen Kontakte zu den Ministerien auf. Fortgeführt wurden die Ausbildung des Kinderdiakons/der Kinderdiakonin zum/r Erzieher/in und die Ausbildung des Wirtschaftsdiakons/der Wirtschaftsdiakonin zum/r Familienpfleger/in. Am 1. September 1990 wurde die mündliche Genehmigung für diese beiden Ausbildungsgänge erteilt. Am 17. September 1990 beschloss der Ministerrat der DDR die staatliche Anerkennung von Ausbildungsstätten der Evangelischen Kirche mit Fachschulniveau, das SKD erhielt rückwirkend zum 1. September 1990 die Anerkennung als staatliche Fachschule.
Das Bildungsministerium des Landes Mecklenburg-Vorpommern bestätigte am 28. März 1991 die staatliche Anerkennung des SKD als Fachschule in Trägerschaft der Pommerschen Landeskirche.
Dieser neue Status brachte auch eine Öffnung für Bewerber/innen mit sich, die keiner Kirche angehörten.
Auf Grund der stetig steigenden Bewerberzahlen wurde bald der Umzug in ein größeres Haus notwendig. 1993 konnte das SKD in eine ehemalige Kinderkombination nach Greifswald-Schönwalde umziehen. Die Einweihung des den neuen Anforderungen entsprechend umgebauten Hauses fand am 22. Oktober 1993 statt.
Seit dem 1. September 2008 führt das SKD ein reformpädagogisches Modellprojekt durch, das die Ausbildung insgesamt von fünf auf drei Jahre verkürzt. Der Schwerpunkt der religionspädagogischen Ausbildung im SKD liegt im Elementarbereich.
Ebenfalls wird das Modellprojekt der reformpädagogischen Ausbildung in Schwerin durchgeführt, wobei das SKD mit dem Schweriner Diakonischen Bildungswerk kooperiert. Die wissenschaftliche Begleitung des reformpädagogischen Modellprojektes ist durch die FH Neubrandenburg gewährleistet.
Das Seminar für Kirchlichen Dienst besteht seit dem 1. Januar 2008 in der Rechtsform einer gGmbH, deren alleiniger Gesellschafter die Pommersche Evangelische Kirche ist.